正在建设的青藏铁路从11个国家级自然保护区边缘穿过。在青藏高原逐渐隆起的漫长过程中，这里生成了草甸、湿地、冻土、荒漠的独特高原生态系统，是长江、黄河、澜沧江、怒江、雅鲁藏布江的发源地。这里栖息着藏野驴、藏羚羊、黄羊、岩羊、白唇鹿等珍稀动物和珍稀禽类。这里高原气候寒冷、空气稀薄，生态环境脆弱。50年前铲去一锹草皮，至今还是一个土窝，难以恢复。在那曲，种活一棵树奖100元，由于环境限制收效甚微。人类在这里的任何不当行为，都会给生态系统带来冻土融化、土壤沙化等影响。

出没在高原上的藏野驴和藏羚羊

    由于青藏高原海拔高,空气稀薄,气候寒冷、干旱,动植物种类少、生长期短、生物量低、生物链简单,生态系统中物质循环和能量的转换过程缓慢,致使本区生态环境十分脆弱。长期低温和短促的生长季节使寒冷地区的植被一旦破坏,恢复十分困难,而且加速冻土融化,引起土地沙化和水土流失。目前,铁路沿线的一部分地区仍为无人区,自然环境还保持着较原始的自然状态,科学研究表明,全球变暖对青藏高原的自然环境已带来一定的影响。

高山雪莲花