大气物理研究所科研部门包括:大气科学和地球流体力学数值模拟国家重点实验室、大气边界层物理与大气化学国家重点实验室、中国科学院东亚区域气候-环境重点实验室(全球变化东亚区域研究中心)、国际气候与环境科学中心、竺可桢--南森国际研究中心、中层大气与全球环境探测实验室、云降水物理与强风暴实验室、季风系统研究中心、灾害性气候研究与预测中心、中国生态系统研究网络大气分中心。另外还设有信息科学中心。目前,大气物理所拥有IBMP690的高性能并行计算机、联想深腾1800、SGI ORIGIN 300服务器、SGI origin 2000超级计算服务器一台、SGI origin 3400超级计算服务器二台、一座用于研究城市大气污染和大气边界层物理研究的高达325米的气象铁塔及边界层遥感探测系统和中层大气探测系统等设备。
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