曾昭抡与钱伟长被错划为“右派分子”。华罗庚、千家驹与童第周虽然得到保护而免遭划为右派，但仍受到多次“批判”。

1957年，华罗庚遭到错误批判。当时，中国数学界大搞“拔白旗”，批判“资产阶级学术权威”的运动。华罗庚目睹中国数学界遭到的破坏与损失，痛心疾首。 

1958年，《人民日报》登载了武汉大学批判数学系讲师齐民友的所谓“走白专道路”的文章，由此在全国掀起了“拔白旗运动”，华罗庚又被作为数学研究所的重点批判对象，他与一些正直的数学家被剥夺了发言权。

1963年，他借写《高等数学引论》的序言为题，加以发挥地写道：“它既是急就章，又是拖沓篇，1958年匆匆上马。”“错误百出，疵谬迭见。”“紧紧松松，赶赶拖拖，因而详略不一，前后不贯，轻重失调，呼应不周等毛病在所难免的了。” 

1964年，他更在一篇文章中写道：“向前走了3里路，发现错了，不要紧，后退3里，便到原来的出发点了；但时间却不能退回到原来出发的时间，而是花了双倍时间，时乎时乎不再来！”

1965年，爆发了持续10年之久的“文化大革命”。华罗庚的家被查抄过3次，手稿散失殆尽，使不少工作无法再继续进行。他被贴了不少充满了造谣污蔑之词的大字报，还遭到几次批判。这一情况至1967年即告终止，他可以安静地呆在家里，甚至可以出去普及“双法”。较之中国的绝大多数知识分子，华罗庚算是幸运的了，他受到毛泽东主席与周恩来总理的特别关照。在“文化大革命”前，毛泽东就给华罗庚写过两封亲笔信。毛泽东去世前，还为华罗庚写过一个批示。

“文化大革命”期间，眼见着国家遭难，人民受害，他更是百感交集，悲愤万分。1969年，他的恩师熊庆来遭迫害致死，他都不能去悼念。1978年，熊庆来得到平反后，华罗庚写道：“恶莫恶于除根计，痛莫痛于不敢啼，尸体已入焚化间，谁是？翻遍盖面布，方得见遗容一面，骨架一层皮。”

在“四人帮”横行时，华罗庚虽受到保护，但他被剥夺了发言权，而且实际上被禁止与朋友学生往来。他的“双法”普及工作，亦常遭到横加干预。在这黑暗的日子里，据说华罗庚有一个小本子，经常偷着写诗骂“四人帮”，不肯示人，可惜未能留存下来，现仅得一首如下：
　　“并州战役胜利日，白骨妖魔心如炽。
　　我要分裂停生产，尔辈竟敢搞团结。”

1970年3月4日，周恩来给他派驻科学院的联络员刘西尧批示要保护华罗庚，追查华罗庚的被窃手稿，发还被数学所封存的华罗庚的文物等，另将华罗庚的工作关系由科学院转去人大常委。每当谈起毛泽东与周恩来对他的保护，华罗庚总是满怀感激之情。

1976年，“文化大革命”结束了。当华罗庚在各省普及“双法”时，也受到了严重的干扰，有的人说什么：华罗庚将优选法与路线相提并论，是以目乱纲，华罗庚普及工作不要党的领导，华罗庚不学无术，华罗庚游山玩水，等等。这使他十分气愤。“四人帮”更时时要陷害他。1975年，华罗庚得了心肌梗塞，经治疗虽幸免于死，但终究种下了致命的病根。